ECPAT Nederland werkt nauw samen met organisaties in Nederland en daarbuiten (gouvernementele, intergouvermentele, nongouvernementele en commerciële organisaties) die zich bezighouden met de bestrijding van seksueel misbruik en uitbuiting van kinderen.

In 2003 een samenwerkingsverband aangegaan met Defence for Children International Nederland. Defence for Children-ECPAT is in Nederland één organisatie met dezelfde directeur.

ECPAT Nederland wordt financieel gesteund door o.a. Stichting Kinderpostzegels Nederland, Plan Nederland, Unicef en Kerkinactie.

Sinds 31 augustus 2009 werkt The Body Shop samen met ECPAT in een drie jaar durende internationale campagne: 'Stop seksuele uitbuiting van kinderen en jongeren'. Het doel van de campagne is drieledig: mensen bewustmaken van seksuele uitbuiting van kinderen en jongeren en de grootschaligheid daarvan, geld inzamelen voor kinderen en jongeren die het slachtoffer zijn van seksuele uitbuiting of tot een risicogroep behoren, en beleidsmakers aansporen om maatregelen te nemen die tot concrete veranderingen leiden - om alle kinderen een betere bescherming te bieden. Lees hier meer over de campagne.